تضمن قانون الموارد المائية والري، عدة ضوابط وآليات لحماية البحيرات والمجاري المائية من التلوث .
نص القانون في المادة 34 منه على أنه لا يجوز بغير ترخيص من الوزارة إنشاء فتحات في جسور النيل أو جسور المجارى المائية لتصريف مياه الصرف الزراعى في النيل أو في أحد المجارى المائية وفقًا للشروط والضوابط التى تحددها اللائحة التنفيذية.
ويحظر التعرض لمنشآت ومعدات وخطوط وشبكات المصارف المغطاة وغرف التفتيش وأعمدة الغسيل والمصبات وكذا شبكات الرى المطور وخطوط وشبكات مواسير الرى المغطاة سواء كان ذلك بإتلاف أجزائها أو اختلاسها أو ردمها أو إلقاء مخلفات بها أو صرف مياه الرى أو الصرف الصحى فيها أو توصيل أى شبكات للصرف الصحى أو الصناعى بها (لشبكات المصارف المغطاة) أو إقامة أى منشآت أو أى مزارع سمكية عليها، ومع عدم الإخلال بالأحكام المنصوص عليها في باب العقوبات يجب على المهندس المختص إثبات أية مخالفات لحكم هذه المادة وله تكليف المخالف بإعادة الشىء إلى أصله في مدة زمنية أقصاها أربعة أيام وإلا قامت الإدارة العامة المختصة بالتنفيذ على نفقته .
ويعاقب كل من يخالف أى حكم من أحكام الفقرة الثانية من المادة (34)، والمادة (59) بالحبس مدة لا تزيد على ستة أشهر وبغرامة لا تقل عن عشرة آلاف جنيه ولا تزيد على مائة ألف جنيه أو بإحدى هاتين العقوبتين، وتضاعف العقوبة فى حالة العودة.
